早期台灣居民大都由中國東南沿海一帶遷徙而來，媽祖遂成為台灣最重要的信仰，由於台南鹿耳門是鄭成功抵台的門戶，當地的天后宮成為台灣最重要的媽祖廟之一。始自1991年3月21日所舉辦盛大的迎媽祖船尋根活動，當時參加信眾超過十萬人次，奠定了鹿耳門天后宮開創文化季的基礎信念。爾後天后宮集合多位專家學者共同規畫「鹿耳門文化季」。